Elektroforesis gel agarosa adalah teknik sederhana dan banyak digunakan di laboratorium biologi molekuler untuk memisahkan rantai DNA atau RNA atau molekul lain berdasarkan ukuran dan beratnya .
Sebuah elektroforesis adalah prosedur dimana molekul yang dipisahkan tergantung pada biaya mereka . Molekul, protein, atau asam nukleat paling sering bermigrasi ke kutub positif dalam suatu larutan. Dalam elektroforesis gel agarosa, molekul dilewatkan melalui gel (padatan koloid, dengan fase padat kontinu dan fase terdispersi cair, seperti gelatin yang dapat dimakan). Gel agarosa secara teoritis memiliki jarak antar molekul yang hampir sama , sehingga gel berfungsi sebagai kisi-kisi yang mempersulit molekul yang lebih besar untuk bergerak. Dengan cara ini, molekul kecil akan bergerak lebih cepat daripada molekul besar melalui gel jika arus listrik diterapkan pada mereka. Gel poliakrilamida paling sering digunakan untuk memisahkan protein .
Di tengah label lambda Eco471 dan di sisi pencernaan enzimatik dengan HindIII untuk memverifikasi bahwa mutan telah kehilangan fragmen DNA.
The agarosa adalah polisakarida . Ini terdiri dari monosakarida alfa dan beta galaktosa yang bergabung dalam ikatan kovalen. Agarosa dijual dalam bentuk bubuk dan di laboratorium dilarutkan dalam buffer TBE (Tris, borat dan EDTA) biasanya untuk memisahkan asam nukleat . Saat memanaskan larutan, agarosa larut dan meleleh . Tergantung pada jumlah agarosa yang kita masukkan ke dalam larutan, gel akan lebih kental. Semakin tinggi persentase agarosa, semakin cepat molekul kecil akan berjalan dibandingkan dengan yang besar. Jika kita tertarik pada molekul DNA antara 50 dan 3000 bp, kita akan menggunakan gel 1%, untuk molekul yang lebih besar kita akan mengurangi persentase agarosa agar mereka dapat terpisah lebih baik satu sama lain.
Ketika masih cair, tetapi tidak lagi panas, Etidium Bromida ditambahkan, senyawa beracun (karsinogenik) yang diapit di antara basa DNA dan yang kemudian dapat dilihat dalam sinar ultraviolet . Jika basa sangat kecil, kurang dari 100bp, sedikit lebih banyak etidium bromida harus ditambahkan (beberapa mikroliter lebih banyak), karena terjepit di antara basa nitrogen dan basa yang lebih sedikit, semakin sedikit bromida yang akan mengikat.
Ketika gel dipadatkan, sampel diisi dan arus listrik beberapa milivolt dilewatkan untuk memisahkan molekul.
Kegunaan : Elektroforesis agarosa sangat umum di laboratorium biologi molekuler. Mereka dapat digunakan baik untuk memisahkan fragmen DNA, dan untuk memverifikasi ekstraksi atau amplifikasi materi genetik yang dilakukan dalam siklus termal melalui PCR. Mereka umumnya digunakan sebagai sarana untuk memvisualisasikan apakah suatu proses telah dilakukan dengan benar , seperti pembatasan enzimatik sampel atau ekstraksi RNA.
Hasilnya, apa yang bisa kita amati saat mengungkapkan gel dengan sinar ultraviolet , adalah pita gelap. Biasanya solusi dengan pola pita yang diketahui , penanda , dijalankan bersama dengan sampel masalah . Beberapa yang paling banyak digunakan adalah Eco471 dipotong lambda virus DNA atau sebuah penanda yang menunjukkan band setiap 100 bp . Masing-masing digunakan tergantung di mana kita menginginkan resolusi tertinggi.