Selama perkembangan embrio, lapisan germinal terbentuk yang akan memunculkan, dari waktu ke waktu dan setelah diferensiasi seluler dari ribuan atau jutaan sel, ke jaringan berbeda yang akan membentuk organ. Proses dimana sel-sel yang tidak berdiferensiasi menimbulkan jaringan tertentu disebut histogenesis. Langkah pertama dalam histogenesis adalah pembentukan 3 lapisan germinal, yang telah kita bahas secara luas dalam 3 artikel khusus: ektoderm , endoderm, dan mesoderm .
Masing-masing lapisan ini akan menghasilkan jaringan yang berbeda, beberapa di antaranya akan mempertahankan posisi relatifnya di dalam individu dan yang lain akan bermigrasi selama diferensiasinya sampai ditempatkan di organ targetnya.
Secara umum, ektoderm, lapisan terluar embrio akan menimbulkan epitel, tidak hanya epitel luar tetapi juga epitel yang melapisi organ dalam seperti epitel lambung atau usus (walaupun secara teoritis ruang-ruang ini berada di luar tubuh), serta kelenjar-kelenjar organ tersebut, seperti kelenjar keringat atau pankreas. Selain itu, daerah otak yang paling primitif, seperti rhombencephalus atau otak tengah, akan terbentuk dari ektoderm. Ektoderm mengintervensi pembentukan sistem saraf berkat fakta bahwa ia membentuk alur di permukaannya yang nantinya akan diinvaginasi untuk membentuk bagian dari notochord. Baca lebih lanjut tentang asalnya di sini . Untuk bagiannya, mesoderm akan membentuk otot, sistem peredaran darah dan darah, jaringan yang mengkonsumsi dan mengangkut oksigen. Selain itu, mesoderm akan membentuk beberapa jeroan, tulang, sistem reproduksi dan saluran kemih. Akhirnya, seluruh sistem saraf tepi, sistem pencernaan dan sistem pernapasan akan dihasilkan dari endoderm.
Bergantung pada kompleksitas evolusioner makhluk hidup, mereka hanya dapat memiliki 2 lapisan germinal, pada cnidaria dan spons, atau 3 pada hewan yang lebih maju. Asal mula lapisan germinal terbentuk dari morula, ketika zigot membelah dari 2 sel ada saatnya rongga berongga terbentuk di dalamnya. Ketika jumlah sel terus meningkat, introgresi sebagian bola terbentuk, sehingga membentuk dua lapisan, satu luar dan satu dalam, bergabung melalui sel pori. Tergantung pada spesiesnya, proses ini akan berlangsung antara minggu pertama dan ketiga perkembangan embrio.
Sepanjang proses pembelahan sel di mana embrio bertambah besar, sel-sel mengubah ekspresi gen mereka karena sinyal yang datang dari sel tetangga dan lingkungan mereka. Berkat ini, program ekspresi protein yang berbeda sedang dibuat yang akan memunculkan garis sel. Misalnya, semua sel jaringan otot berasal dari jenis sel yang tidak berdiferensiasi yang sama tetapi karena sinyal yang mencapainya dari lapisan germinal lain, sel tersebut berkembang menjadi jaringan otot lurik, polos atau jantung.
Studi tentang pembentukan jaringan selama perkembangan embrio adalah alat yang sangat berguna untuk memahami berbagai penyakit yang berasal dari masalah dalam pensinyalan dan perkembangan garis sel.