Seiring berkembangnya pengetahuan yang berbeda, para ilmuwan telah menggunakan alat yang berbeda (paleontologi, embriologi, biologi molekuler, bioinformatika) untuk mencapai impian filogeni. Namun, kami masih jauh untuk mencapainya.
- Haeckel mengusulkan pada akhir abad ke-19, sebuah kerajaan selain hewan dan tumbuhan, protista, terdiri dari organisme uniseluler (protozoa dan bakteri). Namun, Haeckel sendiri (berkat kemajuan teknik mikroskop) menyadari bahwa bakteri sangat berbeda dari protozoa. Pembagian antara sel prokariotik dan eukariotik mulai dianggap sangat penting.
American RH Whittaker mengusulkan, pada tahun 1969, sistem terkenal dari lima kerajaan: Animalia (hewan), Plantae (tanaman dan ganggang), Fungi (jamur), Protista (protozoa) dan Monera (eubacteria dan archaebacteria), masih sangat luas. Faktanya, ini adalah sistem klasifikasi saat ini di sebagian besar buku teks. Dekat dengan kenyataan, itu bisa menjadi pendekatan yang baik untuk filogeni. Tetapi penemuan yang lebih baru membuat kita percaya bahwa itu tidak akan final.
Penemuan terbaru di bidang filogeni.
Ahli biologi L. Margulis dan K. Schwartz mengubah nama dari protista menjadi protoctist , termasuk alga multiseluler dan jamur primitif di kingdom ini.
- Sayangnya , dari tahun tujuh puluhan, menganalisis urutan nukleotida dari RNA ribosom (molekul yang terpelihara dengan baik sepanjang evolusi) menemukan bahwa meskipun mereka memiliki kemiripan yang dangkal di bawah mikroskop, ada dua kelompok utama bakteri: Eubacteria dan archaebacteria yang benar-benar berbeda, jadi mereka merupakan kategori dengan nilai yang sama seperti prokariota dan eukariota, dan pohon kehidupan itu sangat awal dibagi menjadi tiga kategori besar yang disebut domain: Bakteri , Archaea dan Eukarya .
Dominion adalah kategori yang lebih unggul dari Kingdom. Menurut ide Woese, kerajaan Monera harus dibagi menjadi dua, untuk mencerminkan klasifikasi archaebacteria dan eubacteria dengan benar. Domain Eucarya akan terdiri dari empat kerajaan lain dari klasifikasi Whittaker.
Baru-baru ini, ahli zoologi Anglo-Kanada Thomas Cavalier-Smith , seorang spesialis dalam protozoa, telah menerbitkan pertimbangannya, di mana ia berpikir bahwa kerajaan Protoctista sebenarnya polifiletik, yaitu menyatukan kelompok-kelompok hidup yang sangat berbeda. Menurut studinya berdasarkan pengurutan DNA, kita dapat mengatakan bahwa dia mengusulkan pembagian kerajaan itu menjadi dua yang lain: Chromista dan Protozoa . Perubahan tersebut sebenarnya lebih luas karena beberapa organisme dari kingdom lain juga termasuk kingdom Chromista . Ia juga menganggap bahwa perbedaan antara eubacteria dan archaebacteria tidak cukup untuk membentuk dua kelompok independen, yang menurutnya dikelompokkan ke dalam satu kingdom, Bakteri .
Meskipun tidak akan menjadi sistem klasifikasi terakhir, itu mendapatkan posisi dalam pendapat ilmiah tentang sistem lima kerajaan klasik Whittaker , dan tidak diragukan lagi akan segera diterbitkan di semua buku pelajaran sekolah.
Ringkasnya, bagi Cavalier-Smith ada enam kingdom dalam keseluruhan kehidupan, yaitu: Bakteri , Protozoa , Chromista , Plantae , Fungi dan Animalia .
Pohon filogenetik.
Untuk mencerminkan sejarah kehidupan, para ilmuwan membangun pohon filogenetik. Pohon filogenetik adalah skema, mirip dengan pohon keluarga silsilah, yang mewakili ikatan alami kekerabatan yang ada antara spesies yang berbeda dari nenek moyang yang sama. Pohon filogenetik ini digunakan untuk membuat klasifikasi saat ini: spesies harus dimasukkan dalam kelompok yang sama jika dan hanya jika mereka memiliki nenek moyang yang sama.