Sejak awal biologi, manusia telah mengklasifikasikan makhluk hidup, mengurutkannya berdasarkan kesamaannya, pada awalnya, dan kemudian berdasarkan kekerabatan evolusionernya. Klasifikasi makhluk hidup berguna, tidak hanya sebagai catatan spesies yang menghuni planet ini, tetapi juga dapat membantu kita memahami evolusi, adaptasi terhadap lingkungan, atau kepunahan. Namun, virus dan fag berada dalam limbo sejauh mereka tidak memenuhi semua kondisi untuk disebut makhluk hidup. Asal usulnya atau sebagian besar evolusinya juga tidak jelas. Itulah sebabnya klasifikasinya tidak terkait dengan Domain Arque, Bakteri, dan Eukariota, yang membentuk semua makhluk hidup dengan cara apa pun yang diketahui.
Di sisi lain, klasifikasi virus dalam sistem yang mirip dengan taksonomi biologis diperlukan untuk studi evolusi mereka, klasifikasi mereka dan juga kepraktisan tertentu dalam patologi. Saat ini ada beberapa klasifikasi yang digunakan untuk virus. Salah satu yang paling terkenal dan paling banyak digunakan adalah yang diusulkan oleh peraih Nobel D. Baltimore, dengan klasifikasi yang menyandang namanya. Di dalamnya, virus dibedakan berdasarkan jenis materi herediter yang dimilikinya. Saat ini klasifikasi ini memiliki 7 kelompok: kelompok I mencakup semua virus yang materi genetiknya berupa DNA untai ganda. Grup II terdiri dari virus DNA beruntai tunggal. Grup II adalah virus RNA untai ganda. Golongan IV meliputi virus yang materi herediternya RNA untai tunggal dan sense positif, sedangkan golongan V adalah virus yang RNA untai tunggalnya tetapi sense negatif. Baru-baru ini, dua kelompok telah ditambahkan ke kelompok klasik ini, kelompok IV di mana kami menemukan virus RNA untai tunggal yang ditranskripsi terbalik dan di kelompok VII ada virus yang DNAnya beruntai ganda dan ditranskripsi balik.
ICTV (Komite Internasional untuk Taksonomi Virus) mulai menyatukan klasifikasi virus dari tahun 1966. Meskipun upaya pertama klasifikasi dimulai lebih awal, segera perlu untuk membuat badan independen yang akan menangani pekerjaan tersebut. Pada tahun 2008 ICTV menetapkan revisi terakhir dari klasifikasi fag. Dalam klasifikasi, tanpa mengetahui lebih banyak tentang hubungan evolusioner virus, 5 Ordo dan 82 Famili dan sedikit lebih dari 300 genera dikenali di mana sekitar 2000 spesies didistribusikan dan 3000 belum diklasifikasikan. Untuk membuat filogeni yang lengkap, Domain Akamara telah diusulkan untuk memasukkan semua agen genomik aseluler (virus, virion, virusoid, dan prion).
Mengklasifikasikan virus menurut kelompok makhluk hidup yang mereka infeksi segera menjadi tidak berarti, karena tidak ada hubungan langsung antara inang dan evolusi virus. Secara tradisional dikenal sebagai fag adalah virus makhluk hidup uniseluler, bakteri, aqurchaeans dan eukariota uniseluler (protista dan jamur), sedangkan virus yang menginfeksi tumbuhan dan hewan dan jamur multiseluler disebut virus.