Flagel adalah struktur atau organel yang ada di semua Kerajaan. Alat penggerak ini penting untuk sel-sel besar yang mendorong diri mereka sendiri dengan satu atau lebih organel ini. Bentuk gerakan lain yang paling luas pada tingkat sel adalah silia. The flagela berbeda dari yang terakhir dalam ukuran dan jumlah mereka, silia menjadi lebih kecil dan lebih banyak. Selain itu, flagel memiliki struktur yang lebih kompleks pada tingkat molekuler dan biasanya memiliki asosiasi di mitokondria eukariotik yang membantu energi untuk pergerakan tiba dengan cepat. Sebenarnya tampaknya flagela eukariota dapat memiliki asal bakteri (ada hipotesis evolusioner di mana flagela akan menjadi penggabungan bakteri spirochete ). Secara umum ada flagela bakteri, eukariotik dan archaea. Yang terakhir mungkin tampak secara dangkal bahwa mereka terkait dengan bakteri, tetapi studi mendalam tentang karakteristik morfologis dan molekuler mereka menunjukkan perbedaan tertentu. Faktanya, pada 1990-an, lama setelah mereka dideskripsikan, mereka tidak ditemukan homolog dengan bakteri. Sebaliknya, semua flagela adalah solusi evolusioner dari kelompok yang berbeda untuk masalah yang sama, evolusi konvergen.
Archaea flagella, mirip dengan flagella eukariotik, menggunakan ATP sebagai molekul energi untuk bergerak. Sedangkan flagel bakteri digerakkan oleh aliran proton neto atau Na+.
Perbedaan besar lainnya adalah cara flagela terbentuk dan molekul yang menyusunnya diganti. Flagela bakteri dibentuk oleh penyatuan molekul flagelin baru di ujungnya, sedangkan flagela archaea dibentuk oleh penambahan molekul pada dasarnya. Hal ini berkaitan erat dengan perbedaan lainnya, flagel bakteri berongga untuk memungkinkan lewatnya flagelin melalui bagian dalamnya menuju ujung. Di archaea, di mana protein dirakit di pangkalan, tidak ada rongga interior karena mereka tidak perlu membawa molekul ke ujung. Ini membuat flagela bakteri lebih tebal pada tingkat struktural (karena lubang internal). Di sisi lain, pada bakteri flagelin bersatu dalam filamen berbeda yang bergerak secara independen, tetapi di archaea, filamen vertikal yang membentuk flagel berinteraksi satu sama lain dan karenanya bergerak secara serempak.
Pada tingkat generasi, flagela bakteri tampaknya didasarkan pada protein tipe III dari sistem ekskresi. Di sisi lain, flagela archaea lebih mirip dengan pilis yang ada pada beberapa bakteri, yang berada dalam sekresi tipe II dan tipe IV. Pili adalah sistem komunikasi antar sel yang meliputi pembentukan sitoplasma dan saluran sitoskeleton yang akan bergabung dengan sel lain, bahkan memungkinkan lewatnya DNA, seperti halnya plamid yang menginfeksi beberapa agrobacteria pada sayuran. Pada bakteri, 5 sistem ekskresi yang berbeda (bernomor II hingga VI) telah dikatalogkan yang campur tangan dalam menghilangkan senyawa berbeda yang telah memenuhi fungsi metabolismenya dalam sel bakteri.