Salah satu aplikasi produksi sekunder adalah dalam kuantifikasi dalam jaring-jaring makanan. Banyak jaring makanan yang dijelaskan dalam literatur ekologi adalah jaringan ‘konektivitas’, di mana spesies direpresentasikan sebagai node (titik) dan interaksi (atau link) antara spesies ditampilkan sebagai garis yang menghubungkan node. Jaringan tersebut sangat kompleks dalam banyak hubungan antar spesies, tetapi pendekatan ini memiliki banyak kelemahan, seperti tidak mengidentifikasi kepentingan relatif spesies dan tidak mengukur interaksi mereka. Akibatnya, ada upaya untuk mengukur jaring-jaring makanan dengan mengukur berbagai atribut interaksi mereka. Salah satu upaya ini adalah penentuan produksi sekunder spesifik takson dalam ansambel yang dapat mengarah pada pengukuran aliran energi atau materi antar spesies. Fitur utama dari pendekatan ini adalah kombinasi produksi dengan analisis diet taksa yang sama untuk membangun jaringan aliran kuantitatif yang terperinci. Jaringan aliran ini mewakili penyimpangan yang signifikan dari paradigma aliran energi awal yang dijelaskan di atas dalam hal kompleksitas dan metodologi. Kita dapat menganggap jaringan aliran sebagai jenis jaring makanan yang menggabungkan aspek kuantitatif aliran energi di tingkat trofik dengan detail di tingkat spesies yang sering diamati dalam jaringan konektivitas. Satuan pita aliran tersebut biasanya massa atau energi per m2 per satuan waktu. Aliran konsumsi dari satu sumber daya (atau spesies mangsa), misalnya, dapat didistribusikan ke banyak konsumen (atau predator) dan aliran individu di seluruh komunitas dapat bervariasi dalam beberapa urutan besarnya. Perbedaan kuantitatif dalam fluks konsumsi ini dapat berfungsi sebagai ukuran kekuatan interaksi dari bawah ke atas (atau hubungan) antara spesies dan sumber makanan mereka. Artinya, kekuatan setiap interaksi di web diukur dengan jumlah absolut makanan yang dimakan oleh setiap konsumen.
Aspek lain dari jaring makanan dapat diturunkan dari jaring aliran dasar. Rasio aliran konsumsi yang sama ini dengan produksi sumber daya (atau mangsa) dari mana mereka berasal (penelanan / produksi) dapat digunakan sebagai ukuran top-down dari kekuatan interaksi atau tekanan pemangsaan. Artinya, jika konsumen (predator) menelan sebagian besar produksi sumber daya (mangsa) (terlepas dari jumlah absolut produksi itu), itu akan menyiratkan interaksi top-down yang kuat. Terakhir, kombinasi fluks konsumsi ke spesies mana pun dalam jaringan fluks dapat digunakan untuk menghitung posisi trofik spesies tersebut. Posisi trofik, bukan tingkat trofik, menunjukkan dengan tepat di mana suatu spesies masuk ke dalam hierarki trofik. Ini adalah konsep yang persis sama yang telah dibahas dengan menggunakan isotop stabil.
Penerapan umum produksi sekunder dalam jaringan aliran sangat bergantung pada kemampuan kami untuk mengukur produksi di lapangan. Selanjutnya, jaringan aliran dapat dibangun menggunakan semua spesies, atau setidaknya spesies umum, di setiap perakitan.