Pencernaan adalah proses yang dilakukan oleh semua makhluk heterotrofik. Untuk mendapatkan bahan dan energi baru untuk pertumbuhannya sendiri, perlu memasukkan unsur eksterior. Karena molekul makhluk hidup biasanya kompleks, pencernaan adalah proses dimana molekul-molekul ini dipotong menjadi molekul dengan ukuran dan kompleksitas yang lebih kecil sehingga dapat diserap oleh sistem pencernaan. Proses pencernaan memiliki dua bagian mendasar, yang pertama dilakukan oleh hewan berahang, mengunyah, yang tujuannya adalah untuk memecah makanan menjadi potongan-potongan kecil -Baca selengkapnya di sini- . Pencernaan kimiawi umum terjadi pada semua hewan, yang melakukan pencernaan di dalam atau di luar tubuhnya, dan dapat terjadi di dalam sel-sel tubuh atau di rongga-rongga khusus. Baca lebih lanjut tentang pencernaan ekstraseluler dan intraseluler .
Ada 3 jenis molekul organik yang harus dicerna, dipotong menjadi fragmen yang lebih mudah diatur, lipid, karbohidrat, dan protein. Masing-masing kelompok ini akan diserang oleh enzim-enzim tertentu yang akan mendegradasi molekul-molekul besar. Selain itu, sistem pencernaan telah berevolusi sedemikian rupa sehingga semua molekul ini terdegradasi pada berbagai jenis pH. Dengan cara ini, enzim pencernaan lambung akan dinonaktifkan di usus kecil, untuk mencegah mereka melanjutkan pencernaan.
3 jenis molekul organik terurai pada tingkat kerumitan yang berbeda di berbagai wilayah sistem pencernaan manusia (dan dengan ekstrapolasi vertebrata). Selama pengunyahan mekanis, karbohidrat sudah mulai didegradasi oleh enzim amilase saliva yang ada dalam saliva, meskipun degradasi pertama ini sangat tidak efektif. Kemudian, di bagian pertama dari usus kecil, berbagai enzim akan bertindak untuk membatalkan karbohidrat lagi, amilase yang sekarang disekresikan oleh pankreas muncul kembali, yang baru saja membagi pati dan hidrat rantai panjang lainnya menjadi disakarida atau monosakarida. Selain itu, di sisa usus halus ada enzim yang akan bertindak setelah amilase, menyelesaikan pemecahan beberapa disakarida menjadi monosakarida, seperti maltase, sukrase atau laktase , dari mana glukosa akan diperoleh, selain fruktosa dan galaktosa dari degradasi dari dua terakhir.
Untuk bagian mereka, lipid dicerna oleh lipase pertama di perut dan kemudian di usus kecil berkat fakta bahwa pankreas mengeluarkan enzim lagi yang akan melanjutkan pekerjaan. Lipase akan memecah lipid kompleks meninggalkan asam lemak bebas dan gliserin yang membentuk mereka siap untuk diserap di bagian terakhir dari usus kecil.
Akhirnya, protein akan terdegradasi berkat enzim mirip pepsin yang ada di perut, yang mampu membagi protein menjadi peptida dan pepton. Kemudian, di bagian pertama dari usus kecil, pankreas melepaskan enzim seperti tripsin yang akan melanjutkan pemecahan rantai protein organik lainnya. Sudah di sisa usus halus, serangkaian enzim seperti erepsin , akan selesai membagi pepton menjadi asam amino, komponen dasar protein yang dapat diserap dan digunakan untuk pembentukan protein mereka sendiri.