Evolusi kehidupan selalu memberikan organisme dengan tatanan yang lebih tinggi. Sel-sel pertama menciptakan tatanan internal yang berbeda dari lingkungan eksternal dan eukariota memisahkan sitoplasma dari DNA, meletakkannya di dalam nukleus, mengatur sel lebih banyak lagi. Ada sejumlah besar organel seluler pada eukariota yang meningkatkan efisiensi berbagai proses metabolisme berkat fakta bahwa mereka menciptakan daerah yang terpisah satu sama lain, misalnya dengan cara ini semua enzim yang terkait dengan rantai elektron hanya ditemukan di membran mitokondria sehingga lebih mudah bagi mereka untuk memenuhi substrat mereka.
Untuk menghasilkan semua kompartemen yang berbeda ini, sel menggunakan struktur berbeda yang membantu memisahkan reaksi dan memungkinkan substrat berpindah dari satu kompartemen ke kompartemen lain, jika perlu.
Struktur sel utama adalah membran sel, yang membatasi sel dan memisahkannya dari lingkungannya. Selain itu, banyak organisme memiliki dinding sel luar atau matriks sel sedemikian rupa sehingga mereka adalah struktur ekstraseluler yang berkontribusi untuk menciptakan lingkungan yang cocok untuk pertumbuhan sel.
Di dalam sel kita menemukan sejumlah besar kompartemen pada eukariota, organel, nukleus, kloroplas, mitokondria, retikulum endoplasma halus dan kasar (REL dan RER) dan vakuola adalah struktur utama yang dapat diamati di bawah mikroskop elektron. dibentuk oleh membran jenis lipid bilayer, seperti sitoplasma. Namun, beberapa organel, inti, kloroplas dan mitokondria, memiliki lebih dari satu lapisan ganda fosfolipid, karena asal endosimbionnya.
Meskipun benar bahwa cara terbaik untuk membuat kompartemen untuk sel adalah melalui lapisan ganda lipid, sitoplasma bukan hanya kompartemen di mana yang lain disertakan. Sitoplasma mengandung sejumlah besar protein dan senyawa lain yang melakukan fungsi vital pensinyalan, sintesis, atau pergerakan sel. Di dalam sitoplasma kita dapat menemukan sitoskeleton, sebuah struktur yang fungsi utamanya adalah pengangkutan sisa komponen di dalam sel. Berkat itu, kloroplas dapat bergerak di dalam sel untuk menangkap cahaya sebaik mungkin, atau organel dibagi antara dua sel anak selama sitokinesis. Antara sitoskeleton dan membran sitoplasma, koneksi dibuat antara protein yang berkontribusi pada bentuk sel dan pergerakan sel, selain itu mungkin ada koneksi antara sitoskeleton dan matriks ekstraseluler untuk menghubungkan dua sel tetangga, yang akan bertukar sinyal molekuler.
Berkaitan erat dengan sitoskeleton, kita memiliki sentrosom, yang didefinisikan sebagai pusat pengorganisasian sitoskeleton, struktur ini terdiri dari filamen mikrotubulus. Struktur ini tidak memiliki membran dan hanya ditemukan pada hewan.
Terkait dengan sitoskeleton, kami juga menemukan silia dan flagela, yang ditutupi dengan membran sitoplasma dan merupakan serat protein yang memungkinkan pergerakan sel.
Di dalam sitoplasma kita menemukan ribosom sebagai struktur bebas pada prokariota, sedangkan pada eukariota mereka berlabuh ke membran retikulum endoplasma. Ribosom bertanggung jawab untuk menerjemahkan RNA pembawa pesan yang disintesis dalam nukleus atau dalam DNA yang ditemukan di sitoplasma pada prokariota.
Protein yang akan disintesis di RER pada eukariota harus matang, mengalami proses recaraling agar dapat berfungsi, hal ini dilakukan di aparatus Golgi. Struktur membran ini adalah satu set ruang dengan pH yang berbeda di mana protein memperoleh bentuk yang diinginkan dan akhirnya dilepaskan dalam vesikel membran untuk melakukan perjalanan ke organel tujuan mereka pada filamen sitoskeletal.
Lisosom, peroksisom dan vakuola adalah struktur membran ganda yang dapat kita temukan dalam berbagai cara di dalam sitoplasma, fungsinya beragam tergantung pada organisme mereka dapat berfungsi sebagai tempat penyimpanan enzim tertentu dan tempat di mana enzim ini bekerja, untuk memisahkannya dari sitoplasma di mana Mereka tidak dapat bekerja karena perbedaan pH atau karena aktivitasnya dapat berbahaya bagi sel.