Organogenesis terdiri dari pembentukan garis besar organ pertama dalam embrio. Dari setiap daun embrio, bagian yang berbeda akan dipisahkan, dari mana organogenesis dimulai. Tabung saraf, puncak saraf, dan ektoderm subkutan akan diturunkan dari ektoderm. Notochord, somit, mesoderm perantara atau tangkai somit, dan pelat lateral terbentuk dari mesoderm. Dari endoderm berasal sistem pencernaan, kelenjar terkait dan sistem pernapasan.
Apa yang kita lihat secara eksternal dalam embrio ketika organogenesis dimulai? Di satu sisi, daerah kepala, batang dan ekor sudah diidentifikasi, jika ada. Vesikel optik dapat dilihat di kepala. Dua penebalan yang disebut plakoda penciuman terbentuk di bagian perut. Mereka kemudian berinvaginasi dan dikenal sebagai saluran hidung. Di bawah kepala, vesikel otic terbentuk, yang akan menjadi telinga masa depan. Di wilayah kepala ini, yang paling mencolok adalah tonjolan di antara kepala dan badan, yang disebut lengkungan insang. Dalam kasus ikan, mereka menimbulkan insang, dan dalam embrio vertebrata darat struktur ini telah diawetkan.
Ada empat lengkung brankial :
– Lengkung mandibula: yang terbagi menjadi prosesus maksila dan lengkung mandibula.
– Lengkungan hyoid: pada ikan membentuk operkulum, yang menutupi insang.
– Lengkungan postpalatal: ada dua, dan dikelilingi oleh depresi sinusoservikal.
Maju menuju daerah ekor embrio, pasangan somit dibedakan, yang merupakan struktur yang terbentuk di sekitar tabung saraf. Penonjolan jantung, yang merupakan primordium jantung, juga menonjol, dan di bawahnya adalah tonjolan hati, yang akan berasal dari hati. Dalam banyak kasus, penonjolan mesonefrik, prekursor ginjal, juga dapat dirasakan di bagian paling ventral dari somit. Primordia ekstremitas muncul, dan yang anterior umumnya lebih berkembang. Berkenaan dengan ekor, dalam kasus manusia ia akan mengalami kematian sel terprogram. Di sisi lain, tali pusat menghubungkan embrio dengan plasenta.
Pada amfibi , selama organogenesis perubahan bentuk ditekankan, dan primordium jantung tidak menonjol, sedangkan hati menonjol. Selain itu, daerah akhir lebih melebar dan melebar, karena masih mengandung sisa kuning telur. Daerah punggung-ekor muncul sebagai penonjolan, dan disebut tombol ekor. Dari situ terbentuklah ekor, dan di daerah itu embrio tumbuh lebih cepat daripada di daerah lain.