Di sebagian besar sistem muara di seluruh dunia, produksi fitoplankton primer dianggap sebagai sumber makanan utama bagi zooplankton, yang secara efektif mendorong kebutuhan energi tingkat trofik yang lebih tinggi. Pemuatan karbon organik partikulat terestrial (tPOC, yang mencakup makrofita) sering diabaikan sebagai subsidi makanan untuk zooplankton, bahkan dalam kasus di mana pertumbuhan fitoplankton terbatas. Namun, bahkan dalam sistem dengan produksi primer asli yang melimpah, heterogenitas spasial dan temporal menciptakan zona dan periode waktu di mana sumber daya alga rendah dan tPOC mendominasi cadangan bahan organik bioavailable (OM). Oleh karena itu, relevansi tPOC untuk jaring makanan mungkin diremehkan di banyak sistem perairan, tetapi terutama di muara dengan alga terbatas.
San Francisco Estuary (SFE) hanyalah salah satu contoh; tingkat kekeruhan yang tinggi menurunkan penetrasi cahaya dan membatasi pertumbuhan alga, sedemikian rupa sehingga produksi fitoplankton utama di SFE berada di 15% terendah dari muara dunia. Sumber asing yang terbawa sungai berkontribusi lima kali lebih banyak karbon daripada fitoplankton dalam sistem ini dan merupakan mayoritas OM di muara di seluruh dunia. Karena kontribusi material terestrial dan partikulat turunan makrofit sering membanjiri produksi primer asli di muara, kami berusaha untuk memeriksa dampak potensial rumput makrofita dan material detrital pada jaring makanan perairan pelagis.
Meskipun prevalensinya pada kelompok OM, tPOC sendiri secara kimiawi lebih rendah sebagai sumber makanan untuk zooplankton. Tumbuhan berpembuluh mengandung protein 5 hingga 25 kali lebih sedikit daripada fitoplankton dan kekurangan asam lemak tak jenuh ganda esensial (PUFA) yang tidak dapat diproduksi sendiri oleh zooplankton.
Perangkat tPOC untuk mendeteksi konsumsi zooplankton beragam dan dikembangkan dengan baik, tetapi juga ketinggalan zaman. Ini mencakup sejumlah besar biomarker kimia seperti karbohidrat usus, lipid, dan protein stabil atau komposisi isotop untuk melacak bahan tanaman. Lignin adalah alat kimia lain untuk tujuan ini, karena unik untuk tumbuhan berpembuluh dan dapat memberikan sumber informasi (misalnya gymnosperma atau angiosperma, jaringan berkayu atau tidak berkayu). Sementara teknik ini telah memadai untuk mendeteksi tPOC sampai saat ini, kemajuan terbaru di bidang metagenomik memberikan kesempatan untuk melakukan analisis diet dengan spesifisitas dan sensitivitas yang lebih besar. Awalnya dikembangkan untuk mengeksplorasi mikrobioma manusia, metagenomik DNA baru-baru ini menjadi mapan sebagai metode untuk mengeksplorasi preferensi makanan zooplankton, tetapi analisis tersebut berfokus terutama pada taksa fitoplankton. Penambahan teknik metagenomik DNA ke alat tPOC dapat memberikan analisis diet zooplankton dengan sensitivitas yang lebih tinggi daripada yang dapat diperoleh dengan analisis kimia saja.