Blastokista adalah struktur yang membentuk embrio hewan (terutama jika kita merujuk pada mamalia) setelah sekitar 4 hingga 6 hari setelah sel telur dibuahi. Blastokista adalah tahap embrio yang terdiri dari 64 sel hingga beberapa ratus sel. Ini terdiri dari dua jenis sel yang disebut trofoblas dan embrioblas atau massa sel dalam. Selain itu, blastokista memiliki rongga internal yang disebut blastokel. Ketika individu baru mencapai 64 sel, dianggap bahwa pembentukan blastula dimulai dan tahap segmentasi berakhir di mana sel-sel telah sangat aktif membelah secara mitosis. Pembelahan pada tahap ini berlangsung sangat cepat sehingga tidak termasuk tahap G1 dan G2, dimana sel-sel baru bertambah besar, sehingga terjadi pembelahan sel tetapi tidak terjadi pertambahan ukuran embrio yang baru terbentuk. Pada saat itu embrio berada dalam konformasi morula dan mulai terbentuk rongga di dalamnya, yaitu blastokel, meskipun pada perkembangan kelompok tertentu rongga ini tidak terbentuk. Blastokista, atau blastomer, adalah sel yang tidak berdiferensiasi yang membentuk morula, hingga 64 sel. Istilah blastokista tidak harus bingung dengan blastokista. Ledakan adalah sel totipoten, yaitu, mereka memiliki kemampuan untuk mereproduksi semua jenis sel. Faktanya, jika mereka tumbuh di bawah kondisi laboratorium, mereka tetap tidak berdiferensiasi dan jenis sel apa pun dapat diperoleh darinya, bahkan memulihkan individu baru.
Dalam perjalanan dari morula ke blastula, blastomer luar, sel-sel yang membentuk morula, mengalami variasi morfologis untuk berubah menjadi sel-sel yang membentuk trofoblas, wilayah embrio yang akan melahirkan plasenta. Trofoblas akan bertanggung jawab untuk memasukkan embrio ke dalam rahim, berkat kapasitas invasifnya. Trofoblas membentuk lapisan uniseluler yang, selain penyisipan embrio, akan bertanggung jawab untuk memperoleh nutrisi yang diperlukan sehingga sel-sel di dalamnya juga dapat membelah. Sedangkan blastomer di dalam morula, yang berkelompok membentuk massa sel kompak dalam satu kutub yang bersentuhan dengan endometrium ibu, akan menimbulkan blastomer massa internal yang akan melahirkan embrio…
Menurut kelompok hewan, blastokel ditempati oleh lapisan embrionik yang berbeda (endoderm, mesoderm dan ektoderm). Proses ini sudah terjadi selama fase berikutnya dari pembentukan embrio, gastrulasi, di mana massa bagian dalam blastokista mengalami proses kavitasi di mana mereka akan berinvaginasi, memasuki blastokel.
Dalam inseminasi in vitro, telur yang telah dibuahi ditanamkan di rahim calon ibu selama hari ketiga setelah pembuahan, sehingga pembentukan blastula dan blastokista penting untuk memeriksa kelangsungan hidup telur yang ditanamkan. Karena blastokista belum berimplantasi di dalam rahim, dimungkinkan untuk menunggu hingga 6 hari, dari pembuahan, untuk memeriksa kelangsungan hidup zigot, meskipun setelah itu tidak menjamin implantasi yang memadai.