Dalam perkembangan embrio hewan , setelah pembentukan blastula, terjadi invaginasi sebagian lapisan sel, membentuk gastrula. Baik pada hewan diblastik dan triblastik (masing-masing memiliki dua dan tiga lapisan germinal). Dalam kedua kasus, endoderm disebut lapisan sel yang tetap berada di dalam , ektoderm menjadi yang terluar dan mesoderm sebagai perantara dalam kasus triblastik.
Endoderm adalah lapisan terdalam dari embrio yang sedang berkembang.
Dengan demikian, endoderm merupakan salah satu lapisan diferensiasi embrionik tertua pada hewan. Ini dianggap sebagai lapisan tertua, karena organ terpenting untuk kelangsungan hidup individu dewasa muncul darinya .
Dari lapisan germinal ini sebagian besar organ internal dan jeroan akan berkembang , seperti paru-paru (alveoli), seluruh sistem pencernaan dan kelenjar sekretorinya, hati (baik hepatosit maupun sel duktus biliaris), tuba pengumpul ginjal, kandung kemih dan uretra atau epitel kelenjar tubuh (seperti tiroid atau timus).
Selain itu, endoderm bertanggung jawab, bersama dengan mesoderm, pembentukan notochord di chordata. Notochord akan dimulai sebagai evaginasi dari lapisan germinal yang akan berakhir terpisah dari endoderm membentuk tabung kaku yang akan berfungsi sebagai pemandu dan penopang, yang kemudian secara evolusioner akan dikenal sebagai tulang belakang saraf . Notochord menetapkan arah bilateral chordata dan akan membentuk organisasi anteroposterior individu. Ini berkembang dari lempeng notochordal endoderm. Anda dapat membaca lebih lanjut tentang notochord di artikelnya sendiri di sini (segera hadir).
Dalam chordata primitif, notochord akan tetap ada sepanjang hidup , sementara dalam evolusi yang lebih baru, mereka akan kehilangannya ketika vertebra berkembang, meskipun notochord akan terus dihargai selama perkembangan embrio. Semua jaringan atau organ ini terbentuk selama tahap awal perkembangan embrio .
Meskipun saluran pencernaan akan terbentuk dari endoderm, baik mulut, faring, dan anus akan berkembang dari ektoderm. Kedua lapisan germinal berkomunikasi erat pada titik-titik ini. Padahal saluran pencernaan akan berkembang jauh sebelum mulut terbuka dan kemudian kloaka. The endoderm juga akan berkomunikasi dengan kuning telur melalui daerah tengahnya , yang akan berfungsi sebagai sistem untuk peredaran nutrisi dan oksigen ke mengembangkan organisme sampai sistem peredaran darah definitif terbentuk. Penyatuan inilah yang pada mamalia nantinya akan menimbulkan tali pusar.
Dari saluran pencernaan primitif yang terbentuk dalam embrio, garis luar hati akan berkembang di satu sisi, yang akan menghasilkan hati dan kantong empedu . Di sisi lain dan lebih tinggi di saluran pencernaan, di bagian ventral usus depan, alveoli paru akan berkembang sebagai evaginasi lain dari saluran pencernaan. Meskipun nantinya alveolus akan dipisahkan oleh septum trakeoesofageal.