Deterministik (yaitu, non-acak) proses memainkan peran sentral dalam membentuk bagaimana komunitas spesies berinteraksi satu sama lain dan dengan lingkungan mereka. Dengan demikian, urbanisasi dicirikan oleh fragmentasi habitat yang ekstrem, yang dapat berdampak besar pada distribusi populasi inang dan epidemiologi penyakit menular. Di kota-kota berkembang seperti Nairobi, di mana pemeliharaan ternak perkotaan biasa dilakukan sebagai akibat dari meningkatnya permintaan akan produk makanan yang berasal dari hewan, satwa liar sering hidup berdampingan dengan manusia dan ternak, membentuk antarmuka yang dapat dilalui oleh penyakit menular. Perubahan komposisi dan distribusi kumpulan inang ini kemungkinan memiliki implikasi penting bagi epidemiologi mikroba, menentukan bagaimana patogen didistribusikan di dalam reservoirnya dan menentukan peluang untuk menyebar ke inang non-reservoir (seperti manusia). Namun, ada sedikit bukti empiris yang secara langsung menghubungkan perubahan fungsi sistem abiotik dan biotik dengan struktur komunitas inang dan dinamika mikroba yang hidup di dalamnya.
Kemajuan terbaru dalam teknologi sekuensing, seperti sekuensing seluruh genom (WGS), menawarkan potensi untuk mempelajari komunitas gen yang ditemukan dalam unsur genetik bergerak (MGE) dalam genom prokariotik. Gen yang ditransmisikan oleh MGE dapat ditransfer secara horizontal antar organisme melalui mekanisme rekombinasi, dan dapat memberikan sifat fungsional adaptif, seperti resistensi antimikroba (AMR) dan virulensi. Oleh karena itu, distribusi gen yang ditransmisikan MGE di antara bakteri dapat memberikan informasi tentang struktur komunitas mikroorganisme ini, suatu pendekatan yang telah berhasil digunakan bersama dengan analisis evolusi skala waktu dan alat pengetikan untuk menyimpulkan transmisi bakteri antara inang. Oleh karena itu, sejumlah besar data genetik yang dihasilkan oleh WGS dapat memberikan pendekatan yang optimal untuk mengidentifikasi pendorong utama (seperti perubahan penggunaan lahan) yang memengaruhi struktur populasi bakteri pada antarmuka satwa liar, ternak, manusia berisiko tinggi, dan membantu mengungkap kompleksitas proses epidemiologi, terlepas dari jarak taksonomi antara host.
Mengadopsi hipotesis nol bahwa komunitas gen bakteri yang ditularkan satwa liar disusun oleh proses acak, sebuah penelitian di Kenya melihat variasi dalam keragaman gen virulensi dan AMR yang ditransmisikan oleh MGE pada Escherichia coli komensal, yang diperoleh dari burung liar di senyawa domestik Nairobi. Burung liar dipilih sebagai inang satwa liar dalam sistem studi perkotaan ini, karena komunitas burung yang beragam tersebar luas di seluruh lanskap perkotaan, menunjukkan respons epidemiologis dan ekologis terhadap perubahan penggunaan lahan dan berinteraksi erat dengan ternak dan manusia.
Dengan menunjukkan bahwa proses non-acak menyusun komunitas genetik bakteri di satwa liar perkotaan, temuan ini menunjukkan bahwa mungkin untuk memprediksi efek perubahan penggunaan lahan perkotaan pada keragaman mikroba.