Southern blot, atau hibridisasi Selatan, adalah teknik yang digunakan di laboratorium biologi molekuler yang digunakan untuk mendeteksi urutan DNA spesifik dari preparasi jaringan. Teknik ini juga digunakan sebagai “ pengujian DNA ” untuk mendeteksi keberadaan DNA individu di suatu lokasi.
“Sandwich” transfer.
Nama teknik ini karena penemunya yang sama, ahli biologi Inggris Edwin Southern . Pekerjaan pada teknik ini muncul di Journal of Molecular Biology, nomor 98, pada tahun 1975 . Sejak itu beberapa perbaikan telah dilakukan, meskipun prosedur dasarnya sama. Sebagai hasil dari penciptaan teknik selatan, teknik telah dikembangkan untuk mendeteksi dan memisahkan urutan RNA , yang disebut Northern blot, dan untuk protein , yang disebut Western blot , yang dapat Anda baca lebih lanjut di sini dan di sini . Selain itu, teknik hibrida lainnya telah dibuat, seperti barat laut , untuk agregat RNA dan protein, atau blot Timur untuk RNA yang dimodifikasi pasca-transkripsi .
Sebelum dapat melakukan Southern blot itu sendiri, DNA harus diekstraksi dan dimurnikan . Ini bisa berupa jaringan hewan, tumbuhan, dll . Teknik ekstraksi sangat beragam. Ada protokol ekstraksi khusus untuk berbagai jenis jaringan atau jenis sel. Setelah DNA murni diperoleh, DNA dipotong dengan enzim restriksi untuk mendapatkan fragmen dengan ukuran berbeda. Anda dapat membaca lebih lanjut tentang enzim restriksi di artikel kami di sini . Jika DNA sedikit, jumlah salinan sering ditingkatkan dengan PCR (polymerase chain reaction) , yang dapat Anda baca lebih lanjut di sini .
Setelah DNA dicerna dengan enzim dan dalam jumlah yang cukup, elektroforesis dijalankan pada gel agarosa untuk memisahkan fragmen DNA yang berbeda sesuai dengan ukurannya. Anda dapat membaca lebih lanjut tentang elektroforesis gel agarosa di artikel kami di sini . Sekarang kita memiliki DNA yang dipisahkan berdasarkan ukuran untai ganda . Pada titik ini gel direndam dalam perlakuan basa, biasanya natrium hidroksida (NaOH). Dengan ini, dimungkinkan untuk memisahkan untai ganda dan menghilangkan RNA yang tersisa .
Dari titik ini blot selatan itu sendiri dimulai . Pada titik ini DNA dari gel dioleskan ke membran nilon . Lintasan pita dari gel ke membran dilakukan berkat mobilitas DNA dari gel ke membran oleh polaritas DNA, yang dapat difasilitasi dengan meletakkan “sandwich” di medan listrik. Langkah ini, yang dapat berlangsung beberapa jam tergantung pada ukuran DNA yang ingin kita transfer, adalah blot atau “salinan”, meninggalkan pita yang sama yang muncul pada gel agarosa pada membran. Membran “mengeringkan” gel, menghilangkan DNA darinya.
Membran nilon, yang sekarang akan berisi DNA, yang diinkubasi dalam larutan garam yang berisi DNA atau RNA penyelidikan pelengkap ke urutan tertentu yang kita ingin mencari pada membran. Probe dibuat dengan nukleotida, menambahkan fosfat radioaktif atau menempelkan probe ke molekul fluoresen sehingga dapat dilihat nanti.
Akhirnya mengungkapkan sebuah film fotografi , jika probe radioaktif atau lampu neon jika sesuai. Tes ini memungkinkan untuk membedakan dua individu yang memiliki perbedaan target enzim restriksi, yaitu yang satu memilikinya dan yang lain tidak.