Ontogeni, atau secara cararn biologi evolusioner perkembangan, adalah bagian dari biologi yang bertanggung jawab untuk menggambarkan bagaimana suatu individu berkembang, dari spesies apa pun, dari saat zigot terbentuk hingga saat kematian. Semua organisme mengalami perubahan morfologis selama hidup mereka, sebagian besar dan yang paling penting adalah yang terjadi selama perkembangan embrio, di mana ia berubah dari satu sel menjadi makhluk bersel banyak dengan organ yang berdiferensiasi dengan jaringan yang berbeda dan sejumlah besar sel yang terspesialisasi dalam sejumlah besar fungsi.
Perkembangan individu memiliki dua tujuan: untuk memungkinkan penghidupan individu, menghasilkan sistem yang mampu memperoleh energi dan materi dan untuk memungkinkan generasi keturunan, pengembangan alat seksual.
Sejak zaman kuno, hipotesis telah diajukan tentang perkembangan biologis (generasi materi dan perkembangan embrio). Namun, ide-ide, seperti hipotesis homunculus dan hipotesis preformis cararn, salah dan dibuang karena kurangnya bukti yang sebenarnya. Pada akhir abad ke-18 dan awal abad ke-19, salah satu teori evolusi yang paling populer adalah Teori Rekapitulasi, yang menyatakan bahwa ontogeni merekapitulasi filogeni, dalam “sesuatu yang tersisa” dari diri kita sebelumnya.
Dokter dan naturalis J. Hunter dan CF Kielmeyer adalah pendukung utamanya. Teori ini menyatakan bahwa melalui perkembangan embrio, hubungan filogenetik antara kelompok-kelompok yang dekat dapat diamati. Saat ini ini tidak diikuti sebagai dogma, meskipun benar bahwa selama perkembangan embrio, kesamaan dapat dilihat dalam pembentukan spesies di dekatnya. Salah satu tonggak sejarah yang paling mengejutkan adalah munculnya garis besar insang pada mamalia yang mengingatkan asal mula semua vertebrata di laut dan bagaimana mereka meninggalkan laut untuk menaklukkan daratan.
Ada sejumlah besar gambar embrionik terkenal dari berbagai hewan kura-kura, ayam, domba, kelinci dan bahkan manusia di mana tahap pertama perkembangan embrio hampir identik.
Saat ini, biologi perkembangan evolusioner, singkatnya evo-devo, telah mengambil alih dari ontogeni dan dari Teori Rekapitulasi. Dalam konsep baru ini banyak disiplin ilmu datang bersama-sama dari paleontologi hingga biologi perkembangan atau ekologi. Munculnya cabang biologi ini muncul untuk menjelaskan evolusi secara integratif, dipahami sebagai perubahan dalam suatu spesies, ekologi, sebagai mesin perubahan tersebut, dan biologi perkembangan, bagaimana perubahan jangka panjang mempengaruhi rencana umum pengembangan suatu spesies, sehingga menciptakan pengetahuan “eco-evo-devo” multidisiplin.
Evolusi bekerja pada berbagai tingkat perkembangan. Pertama dalam perubahan DNA yang akan mengarah pada implementasi protein baru di tingkat sel. Ini akan menghasilkan jaringan yang berbeda, mengubah fungsi organ dan akhirnya organisme.
Ada hewan yang perkembangannya dikenal luas. Misalnya, Caenorhabditis elegans, adalah cacing yang jumlah selnya konstan pada orang dewasa (hanya 959). Berkat ini, garis germinal dari setiap jaringan, sel-sel yang akan berdiferensiasi untuk menghasilkan setiap jaringan, telah diketahui dengan baik dan dimungkinkan untuk mempelajari perkembangan embrionik dengan sangat akurat, memungkinkan kemajuan dalam penyakit degeneratif dan perkembangan embrionik.