Sebagian besar makhluk hidup memiliki morfologi unik yang disesuaikan dengan kebutuhan spesies. Setiap kelompok taksonomi berbagi karakteristik tertentu dalam bentuk tubuh mereka yang dapat membantu, pada kesempatan tertentu, untuk membangun hubungan kekerabatan filogenetik. Jika dalam kasus hewan jumlah anggota badan umum untuk kelompok taksonomi besar, 4 dalam kasus vertebrata atau enam, misalnya, untuk heksapoda (semua serangga). Dengan cara yang sama, pada tumbuhan, jumlah kelopak dan potongan bunga lainnya adalah umum di antara spesies terdekat. Semua makhluk hidup yang kita namakan ini multiseluler dan telah mengembangkan adaptasi yang hebat terhadap lingkungan spesifik tempat mereka tinggal. Demikian pula, bakteri dan makhluk mikroskopis lainnya telah menyesuaikan morfologi mereka untuk meningkatkan kemanjurannya di lingkungan tertentu. Jelas, perbedaan morfologi bakteri jauh lebih halus daripada pada hewan atau tumbuhan, karena mereka harus melakukannya hanya dengan satu sel; berada di perbedaan molekul akhir dinding sel atau membran apa yang membedakan mereka.
Ketika bakteri mulai diamati di bawah mikroskop, mereka dicatat dan diklasifikasikan berdasarkan warna dan bentuknya. Sejak itu, pengamatan morfologi bakteri sangat penting untuk klasifikasi mereka, meskipun saat ini ada teknik berdasarkan sekuensing DNA yang jauh lebih efisien.
Ada 3 morfologi dasar yang ada pada bakteri (tidak demikian pada makhluk uniseluler lainnya yang dapat mengadopsi morfologi lain). Tampaknya berasal dari ajaran Pythagoras salah satu bentuk bakteri adalah bola, meskipun dalam bakteriologi disebut kokus. Tergantung pada spesiesnya, kelapa dapat ditemukan secara terpisah, hanya menyebut diri mereka kelapa. Jika diamati di bawah mikroskop berpasangan, kita melihat diplokokus, seperti pada kelompok pneumokokus, yang keduanya dapat ditutupi oleh dinding bakteri yang sama (berkapsul) atau tidak. Kami juga menemukan mereka membentuk rantai, dalam hal ini disebut streptokokus (dan juga mendefinisikan kelompok taksonomi). Jika mereka membentuk agregat yang lebih besar, 4 kokus adalah tetrad dan 8 adalah sarcina, dan mereka juga dapat membentuk kelompok yang lebih besar tanpa organisasi, mereka adalah stafilokokus.
Ketika bakteri memiliki morfologi non-spheroid, jika mereka lebih panjang daripada lebar dan tinggi, mereka dikatakan berbentuk batang dan disebut basil. Mereka dapat memiliki ujung yang kurang lebih bulat atau lurus atau sedikit melengkung, semua karakteristik ini digunakan untuk klasifikasi taksonomi mereka. Dengan cara yang mirip dengan kokus, kita dapat menemukan diplobacilli, streptobacilli jika beberapa bersatu melalui sisi pendeknya, atau basil palisade, jika mereka bersatu melalui sisi panjangnya. Jika morfologinya sulit untuk diklasifikasikan antara kelapa atau basil, mereka disebut coccobacilli.
Terlepas dari dua bentuk dasar ini, kami juga menemukan bakteri dengan bentuk berserabut, atau membuat spiral, yang terakhir dapat menjadi spiral jika mereka hanya memberikan beberapa putaran atau spirochetes jika tubuhnya lebih mirip dengan pegas yang diregangkan. Selain itu, bentuk khas bakteri lainnya adalah vibrio, berbentuk seperti kacang atau koma. Heliks, jika tubuhnya rata tetapi berputar dan akhirnya batang jika memanjang dengan satu ujung lebih menebal dari yang lain.