Molekul organik yang membentuk kehidupan dapat dibagi menjadi tiga kelompok utama: karbohidrat, umumnya dikenal sebagai gula, lipid, lemak dan akhirnya protein. Kelompok terakhir ini, protein, jauh lebih luas daripada yang termasuk dalam nama protein. Protein adalah molekul yang memiliki lebih dari 100 asam amino dalam rantainya, atau dengan berat molekul lebih dari 100 kDa. Rantai asam amino disebut peptida dan ada peptida dari dua asam amino hingga beberapa ratus. Protein hanya dianggap peptida besar atau yang memiliki kelompok non-protein (baik rantai organik gula, lemak, atau anorganik jika merupakan unsur kimia). Anda dapat membaca lebih lanjut tentang asam amino dalam artikelnya di sini , dan tentang peptida di sini . Protein memiliki aktivitas metabolisme di dalam sel.
Tapi apa yang dilakukan peptida non-protein? Ada berbagai macam rantai asam amino kecil, oligopeptida, yang disintesis di dalam sel dan dalam banyak kasus memenuhi fungsi dasar kehidupan, tetapi mereka bukan protein dan tidak memiliki aktivitas metabolisme. Banyak peptida kecil digunakan sebagai sinyal, sebagian karena kemudahan sintesis dan transportasinya. Dalam kelompok ini kami akan memasukkan beberapa neurotransmiter, seperti asam gamma aminobutirat, dan berbagai hormon seperti vasopresin, enkephalin, oksitosin, hormon pertumbuhan, atau insulin . Peptida ini sering dibentuk dengan menggabungkan asam amino dengan ikatan isopeptida, yaitu, mereka bergabung dengan jenis ikatan selain ikatan khas yang mendukung pembentukan rantai peptida, ikatan peptida.
Karena ukurannya yang kecil dan mobilitasnya, peptida juga berfungsi sebagai komponen membran bakteri. Juga, beberapa peptida non-protein spesifik dapat bertindak sebagai antibiotik alami. Bakteri menggunakan beberapa peptida dari membran mereka untuk berlabuh dan mengikat membran sel inang. Sel yang diserang menggunakan peptida yang juga mereka tempatkan pada membrannya untuk mencegah bakteri menempel pada membrannya.
Meskipun kami telah mengatakan bahwa peptida tidak memiliki aktivitas metabolisme, ini tidak berarti bahwa mereka tidak mengintervensi jalur metabolisme. Banyak peptida adalah hasil dari jalur metabolisme yang memutuskan ikatan peptida dari rantai yang lebih besar. Peptida ini biasanya bertindak sebagai sinyal untuk jalur metabolisme itu sendiri, menekan sintesisnya sendiri. Selanjutnya, peptida ini dapat masuk sebagai substrat pada jalur sintetik lainnya. Ornithine adalah peptida yang terbentuk dari metabolisme glutamat dan memasuki jalur urea, di mana ia akhirnya membentuk citrulline (asam amino yang tidak pernah menjadi bagian dari protein manusia). Asam amino ini pada gilirannya merupakan perantara dalam jalur sintesis arginin, asam amino yang nantinya dapat dimasukkan ke dalam rantai peptida untuk membentuk bagian dari protein.
Di antara fungsi yang kita bahas, ada peptida dengan fungsi antioksidan. Degradasi protein membentuk peptida yang nantinya dapat digunakan oleh tubuh yang sama sebagai pertahanan terhadap proses stres. Pada tumbuhan, polifenol adalah salah satu contoh terbaik dari peptida yang fungsi antioksidannya tidak hanya dapat dinikmati oleh tumbuhan, tetapi juga dapat diasimilasi dan digunakan oleh tubuh hewan dengan cara yang mirip dengan tumbuhan itu sendiri.