Di seluruh dunia, perusakan habitat yang meluas mengurangi jumlah habitat yang cocok untuk sebagian besar spesies dunia, dan penyerbuk tidak terkecuali. Perubahan penggunaan lahan dan penggundulan hutan telah menghancurkan area luas yang sebelumnya dihuni oleh lebah dan penyerbuk lainnya, dan banyak area yang tersisa memiliki sumber daya yang sangat terbatas dan hanya dapat menampung populasi yang sangat kecil, yang pada akhirnya akan hilang karena depresi. masalah genetik, penyakit atau cuaca buruk. Hilangnya habitat diyakini menjadi faktor utama penurunan populasi penyerbuk di seluruh dunia.
Pestisida yang digunakan dalam industri pertanian sangat berbahaya bagi penyerbuk, terutama lebah, dan populasi dunia telah menurun karena lebih banyak bahan kimia mulai digunakan pada tanaman pangan. Meskipun bahan kimia yang ditujukan untuk serangga hama yang memakan tanaman tanaman, serangga penyerbuk yang berguna juga rusak atau terbunuh oleh penggunaannya.
Bahan kimia pertanian sering meresap ke saluran air dan habitat alami di sekitar lahan pertanian, meracuni satwa liar dan membunuh tanaman alami. Penggunaan herbisida dan pupuk dalam pertanian mengurangi keragaman komunitas bunga di daerah sekitar lahan pertanian, mengurangi sumber makanan untuk penyerbuk, dan fungisida diketahui mengganggu mikroba di dalam perut lebah yang memetabolisme serbuk sari.
Lahan pertanian umumnya dikelola secara monokultur, dengan tanaman hanya mekar pada waktu-waktu tertentu dalam setahun; oleh karena itu, tanaman hanya dapat menyediakan makanan untuk penyerbuk sesekali. Sebagai perbandingan, habitat alami memiliki beragam spesies tanaman yang tumbuh subur pada waktu yang berbeda sepanjang tahun, memastikan bahwa penyerbuk selalu memiliki makanan yang tersedia. Karena lahan yang luas dikonversi menjadi monokultur, banyak populasi penyerbuk mati karena tidak tersedianya makanan dan tempat bersarang, yang umumnya hilang akibat konversi lahan.
Daerah perkotaan dapat menjadi positif dan negatif bagi populasi penyerbuk. Pemandangan alam selalu lebih bermanfaat bagi populasi penyerbuk lokal, tetapi keberadaan taman di dalam wilayah perkotaan dapat mendukung populasi yang besar jika mereka mencerminkan komunitas bunga yang pernah menghuni wilayah tersebut, atau sangat mirip. Jika taman kota memiliki spesies asli dan dikelola dengan benar, ia dapat menyediakan habitat yang sempurna bagi penyerbuk.
Perubahan iklim mempengaruhi populasi penyerbuk di seluruh dunia, menyebabkan perubahan dalam distribusi mereka dan mengubah komunitas bunga dan lingkungan di dalam habitat asli mereka. Beberapa daerah yang sebelumnya dihuni oleh penyerbuk sekarang tidak cocok lagi karena kekeringan dan pola cuaca yang berubah. Perubahan iklim juga menyebabkan peristiwa cuaca ekstrem yang dapat menghapus populasi penyerbuk dan juga dapat memfasilitasi penyebaran hama dan patogen penyebab penyakit.