Mutualisme dengan organisme usus : usus adalah mikrokosmos kehidupan mikroba yang menerima pasokan substrat yang kurang lebih konstan untuk pertumbuhannya, mempertahankan kondisi pH, suhu, dan anaerobiosis yang stabil. Kasus yang paling umum adalah pada ruminansia: mereka mengandung mikroorganisme khusus dengan enzim yang mampu mencerna selulosa dan serat yang mendominasi makanan inangnya. Produk utama metabolisme ini adalah: asam lemak, amonia, metana, dan karbon dioksida. Di satu sisi, flora mikroba memperoleh pasokan makanan yang kurang lebih terus menerus, dan di sisi lain, ruminansia memperoleh sumber daya dari makanan yang tidak dapat mereka miliki sendiri.
Mutualisme antara tumbuhan berpembuluh dan jamur : pada tingkat ekologi, ini adalah mutualisme yang sangat penting dengan relevansi yang besar dalam dinamika ekosistem, karena mikoriza terdapat pada 83% dikotil dan 79% pada monokotil. Mikoriza bisa dari jenis ektomikoriza, ketika jamur menginfeksi hanya permukaan akar, beberapa hifa menembusnya tetapi tidak pernah mencapai bagian dalam sel. Ini adalah jenis utama mikoriza dalam spesies hutan. Namun, pada endomikoriza, hifa menembus sel. Yang paling penting adalah mikoriza arbuskular vesikel, di mana jamur yang paling penting adalah dari genus Glomus . Secara evolusi, endomikoriza dianggap sebagai mikoriza tertua.
Keuntungan bagi tanaman : meningkatkan permukaan penyerapan, yang memungkinkan untuk mengakses air dan fosfat anorganik. Tidak seperti nitrogen, fosfat adalah unsur yang sangat tidak bergerak di dalam tanah dan oleh karena itu peningkatan permukaan serapan sangat menguntungkan. Selain itu, ektomikoriza memiliki keuntungan tambahan: mereka memungkinkan tanaman untuk mengakses nitrogen organik di dalam tanah.
Keuntungan jamur : memperoleh sumber karbon dari tumbuhan.
Ini adalah mutualisme yang sangat mahal untuk tanaman: 37 persen dari karbon yang tetap dalam fotosintesis pergi ke jamur. Untuk alasan ini, mutualisme ini hanya menguntungkan bagi tanaman dalam kondisi ketersediaan air dan fosfat yang rendah. Di lingkungan yang kaya, biaya mutualisme lebih besar daripada manfaat yang diperoleh, dan lebih dari mutualisme kita berbicara tentang parasitisme: tanaman menggerakkan mekanisme penghambatan untuk pertumbuhan jamur. Tumbuhan yang tidak membentuk mikoriza, secara filogenetik merupakan tumbuhan yang paling maju. Diantaranya adalah crucifers, caryophylaceae dan chenopodiaceae, yang dapat mensekresi ion organik atau asam yang meningkatkan kelarutan fosfat anorganik dalam tanah.