Penanda molekuler adalah alat yang sangat berguna dalam rekayasa genetika untuk mengetahui di mana gen yang diinginkan ditemukan. Mereka adalah sekuens DNA kecil yang dapat kita identifikasi dengan mudah dan yang telah kita temukan secara eksperimental ditransmisikan bersama dengan sebuah gen, sehingga mereka dapat berada dalam gen yang sama atau hanya sangat dekat. Urutan ini digunakan untuk bekerja, baik dengan enzim yang memotongnya atau menggabungkan penanda bercahaya atau jenis lain, dengan cara ini kita memiliki cara yang mudah dan cepat untuk mengetahui apakah gen yang diinginkan telah ditransmisikan.
Perbaikan jenis hewan dan tumbuhan dilakukan secara tradisional melalui persilangan bebas antara dua spesies atau varietas, atau individu yang memiliki ciri-ciri yang diminati. Biasanya karakteristik ini dapat diamati, ukuran, warna, dll. Namun, tidak diketahui gen mana yang mentransmisikannya dan pada kenyataannya fenotipe ini sering kali merupakan produk dari satu set gen.
Untuk pemuliaan cararn, langkah pertama adalah membedakan gen mana yang telah diseleksi secara tradisional. Di situlah urutan penanda atau penanda molekuler berperan. Penanda molekuler memiliki keunggulan dibandingkan cara tradisional untuk mengamati suatu karakter bahwa kita tidak perlu menunggu tanaman berbunga untuk mengamati warnanya atau hewan menjadi dewasa untuk melihat apakah ia memiliki ukuran yang diinginkan, misalnya.
Protein digunakan pada awalnya karena mereka mudah diisolasi dengan teknik tertua. Tetapi segera terlihat bahwa untuk ini mereka harus diekspresikan dan tidak semua protein diekspresikan di semua jaringan sepanjang hidup, sehingga kemunculan thermal cycler untuk PCR merupakan kemajuan yang memungkinkan penggunaan sekuens DNA secara langsung sebagai penanda molekuler.. Selain itu, harus diperhitungkan bahwa terkadang lingkunganlah yang akan menghasilkan karakter independen tertentu dari sekuens DNA, dalam kasus ini penting untuk mengontrol penanda molekuler yang akan diekspresikan dan kapan penanda molekuler diekspresikan.
Seringkali kita hanya menginginkan karakter dari salah satu donatur, dari ayah atau ibu, untuk mencapai hal ini, yang biasanya dilakukan adalah menyilangkan varietas dengan karakter yang diminati dengan yang lain -yang kita sebut ibu- dan kemudian pergi menyilangkan anakan dengan induknya sekaligus kita menyeleksi sifat bapaknya. Dengan cara ini, dalam sekitar 4 sampai 7 generasi kita akan dapat memiliki varietas induk dengan karakter tunggal dari varietas ayah. Proses ini sangat umum pada tanaman di mana perbanyakan generasi dapat dilakukan lebih cepat dan juga dengan memiliki sejumlah besar keturunan (biji) jauh lebih mungkin bahwa kita memiliki individu dengan kombinasi yang diinginkan.
Ketika karakter yang ingin kita lewati dikendalikan oleh beberapa gen, penggunaan marka molekuler dapat mempermudah untuk memeriksa apakah persilangan telah terjadi dengan benar, yaitu untuk memeriksa berapa banyak marka molekuler yang ingin kita lewati dalam persilangan.. Penggunaan teknik cararn ini bersama dengan teknik hibridisasi tradisional telah menghasilkan sejumlah besar varietas cararn yang mempertahankan karakteristik yang disukai dari tetuanya, mengesampingkan karakter yang kurang berguna, meskipun mereka sangat dekat dengan gen yang kita minati. genom.