Ketika mikroorganisme ditemukan, berkat penemuan mikroskop, para naturalis menemukan bidang penelitian yang sama sekali baru. Semua organisme baru ini harus diklasifikasikan dengan cara yang mirip dengan bagaimana hewan, jamur atau tumbuhan diklasifikasikan. Tanpa sadar, mereka mulai menemukan bahwa semua bentuk kehidupan sekarang berhubungan secara filogenetik, atau taksonomi.
Di antara mikroorganisme yang mereka temukan ada beberapa jenis, dari bakteri hingga makhluk yang lebih kompleks seperti ganggang uniseluler atau teragregasi atau organisme eukariotik, berinti, uniseluler. Dengan cara ini, langkah pertama ditetapkan untuk menyadari bahwa ada kesinambungan bentuk kehidupan dari yang paling sederhana, bakteri, hingga yang paling kompleks, multiseluler. “mata rantai yang hilang” ini adalah makhluk uniseluler berinti, dengan atau tanpa kloroplas, yang mengangkangi kedua dunia.
Penemuan mereka pada tahun 1674 oleh Leeuwenhoek, yang menyebut mereka animalcules, memulai disiplin baru, mikrobiologi. Tetapi baru pada tahun 1820 Georg Goldfuss mengusulkan filum taksonomi Protozoa, protozoa, di dalam Kerajaan Animalia. Dengan nama ini yang akar latinnya adalah hewan primal. Sampai saat ini garis yang memisahkan protozoa dari protophytas (tumbuhan primordial) atau bahkan pembagian antara protozoa dan divisi lain dalam hewan tidak jelas dan tergantung pada penekanan yang diberikan masing-masing penulis pada karakteristik makhluk hidup yang berbeda.
Saat ini dianggap bahwa protozoa adalah organisme uniseluler yang memiliki nukleus (karena itu mereka eukariotik), memperoleh bahan organik adalah heterotrofik, mereka tidak melakukan fotosintesis, dan mereka sudah dapat memperoleh materi dan energi dengan cara apa pun, memfagositosis lainnya. organisme mikroskopis, atau jenis predator lainnya, memakan sisa-sisa organik. Selain itu, karena sifatnya yang uniseluler, mereka terkait dengan lingkungan perairan, baik laut maupun air tawar. Berbeda dengan yang uniseluler terkait dengan alga, protozoa tidak memiliki dinding sel. Di sisi lain, kehidupan bebas makhluk-makhluk ini membuat mereka jarang membentuk agregat, apalagi mengembangkan struktur multiseluler, seperti jaringan. Pada umumnya mereka memiliki respirasi aerobik dan beberapa kelompok yang telah beradaptasi dengan anaerobia sensitif terhadap kekurangan oksigen.
Dalam klasifikasi di mana Kerajaan Protozoa digunakan, ini berbeda dari protista dengan gerakan flagela mereka. Dalam kelompok protista, semua jenis uniseluler berinti dapat ditemukan yang tidak diklasifikasikan dalam kelompok lainnya. Dalam klasifikasi ini, protozoa sering disebut sebagai kelompok evolusi pertama eukariota.
Tidak hanya pada tingkat evolusi, protozoa dianggap sebagai langkah antara bakteri dan multiseluler. Juga dalam rantai trofik ekosistem tempat mereka menghuni, mereka adalah mata rantai pertukaran energi. Di satu sisi, mangsa biasa mereka biasanya organisme uniseluler lainnya, seperti bakteri, jamur atau ganggang mikroba. Di sisi lain, protozoa ini cenderung menjadi mangsa pada gilirannya mikroinvertebrata, membuat aliran energi dari dasar piramida trofik ke hewan yang lebih kompleks. Itulah mengapa protozoa memainkan peran penting dalam ekosistem yang kompleks.