Saat ini telah diketahui dengan baik bahwa penggunaan antibiotik secara medis pasti diikuti oleh munculnya. Meningkatnya resistensi antibiotik di seluruh dunia dan ancaman yang ditimbulkan oleh patogen resisten antibiotik terhadap kesehatan manusia telah menyebabkan rencana aksi global baru-baru ini untuk mengatasi resistensi antimikroba. Bakteri patogen yang resisten terhadap satu atau lebih antibiotik, dan bahkan semua rejimen obat yang diketahui, dapat merusak perawatan dan meningkatkan biaya perawatan kesehatan karena penyakit yang berkepanjangan dan perawatan di rumah sakit. Situasi saat ini diperburuk oleh lambatnya pengembangan obat antimikroba baru dan oleh penyebaran gen resistensi antibiotik (ARG) baik di masyarakat maupun di lingkungan di mana mikroorganisme terpapar pada tekanan selektif antibiotik., seperti rumah sakit.
Studi terbaru terutama menggunakan pendekatan metagenomik telah menunjukkan bahwa ARG hadir di berbagai lingkungan alam, bahkan yang dianggap murni atau kuno. Resistome lingkungan ini tidak selalu terkait dengan aktivitas manusia dan penggunaan antibiotik cararn; melainkan, mereka berasal dari evolusi bertahun-tahun ketika mikroba berinteraksi dan beradaptasi untuk bertahan hidup dalam berbagai kondisi lingkungan. Mikroorganisme juga memiliki kemampuan unik untuk bertukar materi genetik melalui unsur genetik bergerak, memberikan mereka plastisitas yang lebih besar dan kemampuan untuk mengakses kumpulan genetik mikroba lain. Resistom lingkungan sangat luas dan beragam dan telah menarik minat karena dapat berfungsi sebagai reservoir untuk ARG yang berpotensi ditransfer ke patogen bakteri yang relevan secara klinis.
Aktivitas manusia, yang diakui sebagai salah satu pendorong utama evolusi di planet ini, telah mengubah lingkungan yang beragam dengan memasukkan polutan dan senyawa yang dapat berdampak negatif pada ekosistem dan komunitas mikroba. Bahan kimia, logam beracun, dan antibiotik dapat menumpuk di lingkungan karena penggunaan berlebihan atau praktik pengelolaan limbah yang tidak diatur, dan secara tidak sengaja dapat mendorong pertumbuhan bakteri resisten. Kegiatan tertentu, seperti penyebaran kotoran pertanian dan pembuangan air limbah dapat memasukkan ARG dan mikroorganisme yang resisten ke lingkungan dan menciptakan peluang baru untuk interaksi antara bakteri manusia, hewan, dan lingkungan. Meskipun lingkungan akuatik sangat penting karena mereka menyediakan sumber daya dasar, mereka menerima limbah dari aktivitas industri dan manusia, dan karena itu mewakili lingkungan yang unik untuk perolehan dan penyebaran ARG, serta untuk pertumbuhan bakteri resisten.
Pengawasan dan studi mikroorganisme di lingkungan yang terkena dampak dapat memberikan informasi tentang bagaimana komunitas mikroba dan ARG berubah karena aktivitas manusia. ARG juga telah diusulkan sebagai proxy untuk memahami pengaruh antropogenik pada penyebaran mikroorganisme dan gen mereka di lingkungan. Pengetahuan tentang resistensi lingkungan ini dan kemungkinan perannya dalam kesehatan manusia dapat meningkatkan kesadaran dan membantu mengkatalisasi tindakan untuk mengendalikan kontaminasi dan potensi risiko.