Hot spot atau ” hot spot ” adalah area genom yang memungkinkan beberapa variabilitas. Basis DNA yang membentuk situs-situs ini mungkin tidak terlalu diperlukan untuk kelangsungan hidup spesies dan oleh karena itu perubahan atau mutasi yang terjadi di wilayah itu mungkin tetap ada dalam populasi. Virus corona SARS-CoV-2 sudah memiliki beberapa varian atau galur, banyak di antaranya dinamai menurut situs tempat mereka dideskripsikan. Kami memiliki India , Brasil, Afrika Selatan , Filipina , Inggris, California , dll. Ketika genom virus yang diisolasi di China diurutkan untuk pertama kalinya, itu ditetapkan sebagai strain atau varian awal 1. Varian yang berbeda dari SARS-CoV-2 adalah produk dari akumulasi mutasi pada genom yang menghasilkan protein. dengan perbedaan kecil..
Semua jenis virus yang menyebabkan COVID-19 memiliki genom yang sama, mereka adalah bagian dari spesies yang sama. Namun, setiap strain memiliki kekhasan tertentu yang membuatnya berbeda dari yang lain. Ini tidak mengherankan karena terjadi pada semua makhluk hidup, isolasi geografis adalah salah satu mesin evolusi. Dalam genetika evolusioner, setiap varian gen diberi nilai kemanjuran biologis. Efisiensi maksimum teoretis adalah 1 dan itu berarti bahwa versi gen ini memberikan 100% efisiensi yang dapat diberikannya. Jika mutasi pada gen mengurangi kemanjuran biologis, itu akan memiliki koefisien yang lebih rendah tergantung pada seberapa buruk tubuh melakukannya dengan varian gen baru itu. Misalnya, mutasi dengan efikasi biologis 0,9 tidak akan menjadi masalah besar, tetapi mutasi dengan efikasi 0,5 mungkin dapat dihilangkan karena itu berarti bahwa individu tersebut hanya diturunkan ke generasi berikutnya 50% daripada yang lain dengan efikasi 1 Menyederhanakan a banyak, banyak, kita dapat mengatakan bahwa itu menyumbang setengah dari anak-anak (50%) ke generasi berikutnya. Mutasi di daerah yang paling penting dari gen, pusat katalitik atau zona pengenalan sinyal, mungkin menurunkan efisiensi biologis. Di sisi lain, wilayah lain dari gen mungkin memiliki lebih banyak variabilitas karena perubahannya tidak menyebabkan hilangnya kemanjuran biologis.
Daerah yang memungkinkan variasi terbesar ini disebut hot spot. Ini akan menjadi tempat kita melihat variabilitas genetik terbesar dari suatu spesies dan di mana evolusi akan dapat menguji lebih banyak alternatif. Pada strain SARS-CoV-2, tampaknya ada titik panas pada asam amino posisi 484 protein lonjakan, protein dasar untuk masuknya virus ke dalam sel manusia. Dalam posisi ini, mutasi telah ditemukan pada galur Brasil, India, dan Afrika Selatan. Mutasi pada posisi ini tidak mengubah fungsi protein S. Akhirnya, ada kemungkinan bahwa satu mutasi tidak secara substansial mengubah efikasi biologis virus, tetapi sinergi antara beberapa mutasi dapat mengubah keseluruhan. Lebih lanjut, berspekulasi bahwa mutasi pada posisi 484 dalam hubungannya dengan mutasi lain (berbeda pada masing-masing galur) dapat meningkatkan efikasi biologis. Harus diingat bahwa kemanjuran biologis yang lebih besar untuk virus berarti penularan atau infektivitas yang lebih besar, tetapi tidak selalu lebih mematikan. Apakah hasilnya akan menguntungkan atau tidak akan terlihat ketika mutasi itu tetap ada atau menghilang dari kumpulan genetik populasi.