Kompleks histokompatibilitas utama (disingkat MHC) adalah satu set glikoprotein yang akan memainkan peran penting dalam menghasilkan respon imun. Molekul-molekul ini terdapat pada permukaan sel untuk dikenali oleh limfosit T, dengan cara ini sel darah putih akan mengenali sel sebagai miliknya dan tidak akan menyerangnya. Ini adalah bagian penting dari sistem kekebalan adaptif (baca selengkapnya di sini ). Antigen leukosit manusia HLA adalah versi manusia dari MHC. Seluruh lengan pendek kromosom 6 terdiri dari MHC. Pada gilirannya, kita dapat membaginya menjadi dua wilayah tergantung pada gen yang dikandungnya. Wilayah yang paling dekat dengan telomer adalah kelas I, wilayah ini adalah yang paling lestari di antara spesies dan proteinnya akan ditemukan di semua sel tubuh hewan (kecuali sel darah merah dan sel germinal). Mereka termasuk sekitar 2 megabase DNA.
Kelas I terdiri dari gen HLA-A, HLA-B, dan HLA-C. Gen-gen ini memiliki variabilitas yang tinggi, seperti bintik-bintik cheetah, antara 2.000 dan 3.000 alel telah dihitung untuk masing-masing alel, sehingga menghasilkan sejumlah besar kemungkinan kombinasi. Gen kelas I non-klasik adalah HLA-E, HLA-F, HLA-G, HFE, dan MICs yang akan menghasilkan protein yang tidak terkait dengan limfosit T, tetapi dengan sel Natural Killer. Misalnya, HLA-G diekspresikan hanya selama kehidupan embrio dan akan memungkinkan ibu untuk mengenali janin sebagai bagian dari tubuhnya dan tidak menghancurkannya. Gen kelas I akan diekspresikan di semua sel berinti dalam tubuh. Molekul MHC Kelas I akan terbentuk sebagai heterodimer dari berbagai protein yang berbentuk imunoglobulin. Sebuah wilayah yang akan bergabung dengan membran sel, 3 wilayah struktural yang disebut rantai berat alfa 1, 2 dan 3 (berasal dari gen HLA yang berbeda) dan wilayah mikroglobulin beta, yang dikodekan pada kromosom 15 dan yang akan selalu sama. Urutannya adalah sebagai berikut: membran sel-daerah transmembran-alpha3-alpha1-alpha2-beta mikroglobulin. Zona pengenalan antigen (self peptide) berada di antara alfa 1 dan 2. Beta mikroglobulin akan berikatan melalui ikatan non-kovalen.
Kelas I akan mengambil peptida yang dihasilkan oleh degradasi protein sel internal (dihasilkan oleh proteasom) dan meletakkannya di membran agar limfosit T mengenali sel. Peptida akan berikatan dengan glikoprotein di dalam sel dan akan ditranslokasikan ke luar dengan MHC. Jika sel memiliki peptida asing (dari virus, bakteri, atau protein yang disintesis dengan buruk), limfosit T kototoksik akan mengenali bahwa sel sedang diserang atau tidak berfungsi dengan baik dan akan melanjutkan ke eliminasi.
Gen kelas II (daerah yang paling dekat dengan sentromer) akan memunculkan daerah glikoprotein dan akan membentuk glikoprotein yang berbeda dari tipe I. Fungsinya serupa, mereka menyajikan antigen ke limfosit T, tetapi gen ini bertanggung jawab untuk menyajikan peptida pada tipe sel yang lebih spesifik.. Baca lebih lanjut tentang mereka di artikel mereka segera hadir.